Az első feltárás után a környékbeli telektulajdonosok széthordták a köveit, északi mellékhajójába pincét, rá présházat építettek. A visegrádi Szent András monostorról azonban így is többet tudunk mára, mint korábban bármikor.

Történelmi távlatokban mérve csupán egy hajszálon múlt, hogy manapság nem láthatjuk a 11. század közepén alapított görög monostor templomának helyreállított rommaradványait. Czobor Béla tárta fel a csonka falakat a Műemlékek Országos Bizottsága megbízásából 1890 és 1895 között és még jelentős falszakaszokat, sok-sok kőfaragvány, sőt egy helyütt freskótöredékeket is talált. A feltárás végeztével azonban a telektulajdonosok kitermelték a köveket, az északi mellékhajóba a középkori falak felhasználásával pincét és présházat építettek. Utóbbi helyére épült az 1920-as években a ma is álló Latinovits-villa.

A 11.századi visegrádi görög monostor történelmét viszonylag jól ismerjük, bár az ismereteink nagy része következtetés. Az első írott forrás csupán 1221-ből származik, Honorius pápa oklevele az esztergomi érsekhez és a pilisi apáthoz, s éppen arról szól, hogy a monostort a bencés rendnek kell átvennie. A szövegben szerepel a görög kifejezés, ami arra enged következtetni, hogy korábbi lakói görög, mai szóhasználattal ortodox szerzetesek voltak. A másik – közvetett – forrás a Szent Gellért- legenda, amely Tihany mellett Visegrádon is egy I. András alapította monostorról szól.

Bár a 13. század elejére, különösen miután Bizáncot 1204-ben elfoglalták a keresztesek, meggyöngült a keleti kereszténység befolyása és így a kolostoraik is hanyatlásnak indulhattak, a 10-11. században népszerű volt a görög rítus a Kárpát-medencében. Az egyházszakadásra éppen I. András uralkodása alatt került sor, ám a kortársak a kölcsönös kiátkozást még nem érezték megoldhatatlan konfliktusnak, s a római pápa és a bizánci patriarcha eltávolodása még évtizedeken át tartott. I. András felesége ráadásul a kijevi Anasztázia hercegnő volt, aki maga is a görög rítust gyakorolta. Így természetes, hogy András a bencés Tihany mellett alapíthatott és alapított is görög monostort (sőt, Tihanyban a félsziget keleti részén ekkor települtek meg a később tovább vájt barlangokban szintén görög szerzetesek).

A visegrádi görög monostor alapításának idejét hozzávetőlegesen ismeri tehát a történettudomány (András uralkodása alatt, tehát 1046 és 1060 között került rá sor). A 11. századi templom 16 és fél méter széles, 22,35 méter hosszú, háromhajós épület volt, egyenes záródású főhajóval, s félköríves mellékapszisokkal, délnyugati sarkában toronnyal. Tőle délre állt a kolostor faépülete. 1221, vagyis a monostor bencéseknek való átadása után átépítették a templomot (a nyugati oldalra előcsarnokot, karzatot és/vagy toronypárt emeltek), valamint a kolostort is. A tatárjáráskor megsérült a kolostor, ám újjáépítették. A 11. századi templomépület pusztulására csak 1333 táján került sor, amikor az északi mellékhajó kivételével elbontották, hogy új, egyhajós templomot építsenek. A gótikus templomban egy magyar királyt is eltemettek: a nem egész két hónapig uralkodó, majd merénylet áldozatául esett és Visegrádon 1386. február 24-én elhunyt II. (Kis) Károlyt. A 15. században a monasztikus rendek hanyatlása Visegrád esetében is megfigyelhető: a század végére már csak egy szerzetes élt a kolostor falai közt, így a pápa Bakócz Tamás közbenjárására 1493-ban a pálosoknak adományozta. A szerzetesek végérvényesen 1544-ben, a török elől menekülve hagyták el, s ezután kezdett romosodni.

A pince és présház, majd a villa 20. századi építése néhány faragványon kívül akár az épület minden tárgyi emlékét is megsemmisíthette volna. Szerencsére nem így történt: a visegrádi múzeum munkatársai 1986-ban, majd 2001 és 2003 között is feltárásokat végezhettek a területen. Bár a leletanyag nem volt bőséges, sikerült összeállítani a monostor történetének félezer esztendejét.

Részletek a feltárásokról, a monostor történetéről és virtuális rekonstrukció a 11. századi templomról Buzás Gergely és Eszes Bernadett XI. századi görög monostor Visegrádon című tanulmányában